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Gilbert DELEAGE

Research

Mon activité de recherche est centrée sur les protéines et concerne la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédictions structurales) que j'ai introduite sur Lyon dès 1986 (le mot n'existait pas...). En effet, à l'époque, on parlait plutôt d'informatique appliquée à la biologie, voire d'ANalyse THEorique de PROTéines :-).
Pendant 17 ans, j'ai animé un groupe de bioinformatique structurale à l'Institut de Biologie et de Chimie des Protéines (IBCP). En bioinformatique, les méthodes ne méritent d'être développées que si elles sont utilisables par la communauté scientifique. C'est pourquoi, les méthodes et outils ont été appliqués le plus souvent en collaboration avec des groupes de biologistes (immunologistes, virologistes, biologistes moléculaires, structuralistes, microbiologistes).


Plus de 15 méthodes originales dont [Double Prédiction Method, 1987][Self Optimised Prédiction Method, 1994][Self Optimised Prédiction Method from Alignments, 1995] qui ont fait l'objet de plus de 1600 citations.


[ANTHEPROT, 1988-2001]. Il faut souligner que ce logiciel a été le premier du genre (avec PC/Gene d'Amos Bairoch). Environ 280 citations, près de 10000 récupérations et environ 1500 requêtes d'analyse effectuées par an.
[DicroProt, 1993]1000 téléchargements et 180 citations/


J'ai développé avec C. Geourjon le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite, j'ai intégré ces méthodes dans la version 0 de [NPS@ 2000]. C. Combet a repris le développement et maintenu les versions successives (1040 citations en 2016, plus de 6000 analyses par jour en 2009 soit plus de 20 000 000 d'analyses depuis son ouverture en 1998).


Dès le début de la virologie moléculaire, j'ai perçu la nécessité de développer des bases de données virales. Ainsi, le développement de la base HCVDB (travail de thèse de C. Combet) a été initié au niveau français (Réseau National Hépatites) puis élargi dans le cadre d'un contrat européen du FP5 [HepCVax] et au sein d'un workpackage du FP6 dans [ViRGIL] dont j'ai assumé la responsabilité. La base euHCVdb ainsi développée par C. Combet comprend près de 100000 séquences du virus de l'hépatite C.


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Gilbert Deléage

Prof. Gilbert DELEAGE

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